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http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/34661| Título: | Diversidade genética de mandioquinha-salsa (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) utilizando marcadores SSR |
| Título(s) alternativo(s): | Genetic diversity of arracacha (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) using SSR markers |
| Autor(es): | Daboit, Bárbara Nicole |
| Orientador(es): | Finatto, Taciane |
| Palavras-chave: | Melhoramento genético Genética vegetal Marcadores genéticos Microssatélites (Genética) Polimorfismo (Genética) Breeding Plant genetics Genetic markers Microsatellites (Genetics) Genetic polymorphisms |
| Data do documento: | 28-Mai-2024 |
| Editor: | Universidade Tecnológica Federal do Paraná |
| Câmpus: | Pato Branco |
| Citação: | DABOIT, Barbara Nicole. Diversidade genética de mandioquinha-salsa (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) utilizando marcadores SSR. 2024. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Agronomia) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Pato Branco, 2024. |
| Resumo: | A mandioquinha-salsa é uma olerícola perene nativa da região andina, de propagação predominantemente vegetativa, caracterizada como uma espécie órfã. O Brasil é reconhecido como o maior produtor mundial da espécie, o qual apresenta apenas seis cultivares registradas e cultivadas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética de seis genótipos de mandioquinha-salsa (ASA, BRS Acarijó 56, BRS Catarina 64, SCS380 Inca, Pavão, BRS Rubia 41) e de seis plantas clonadas do genótipo ASA. O estudo foi conduzido no Laboratório de Biotecnologia Vegetal da Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Campus Pato Branco. Para a análise da diversidade genética foram utilizados 14 iniciadores microssatélites. O material vegetal foi coletado de genótipos e clones e, em seguida, foi procedida a extração, quantificação e qualificação de DNA das amostras. Os fragmentos foram amplificados por PCR e separados por meio de eletroforese. Cada gel foi analisado e com base nas bandas geradas construiu-se uma matriz binária, a partir da qual foi aplicado o coeficiente de Dice. A análise da similaridade genética e de agrupamento foi realizada pelo software NTSYS-PC associado ao método UPGMA. Os marcadores SSR aplicados apresentaram baixo polimorfismo, com PIC de 10%, apontado como pouco informativo. Dentre os 14 iniciadores utilizados, seis deles (C2, C3, D1, D4, D5 e D6) foram efetivos na amplificação e exibiram maior índice de polimorfismo para os genótipos analisados. Os iniciadores D4 e D5 revelaram maior eficiência para os clones do genótipo ASA. Os resultados obtidos enfatizam a necessidade do desenvolvimento de novos marcadores microssatélites para a espécie. Para os genótipos, a similaridade genética média foi de 0,945. Os genótipos BRS Rúbia e ASA, BRS Acarijó e Pavão foram os que manifestaram as maiores taxas de diversidade genética, com 11,3% e 10,3%, respectivamente, embora consideradas baixas. As plantas clonadas do genótipo ASA exibiram variabilidade genética possivelmente devido à variação somaclonal, com índices superiores aos encontrados na análise conduzida entre genótipos. A similaridade média foi de 0,908. A maior correlação identificada com a planta matriz foi do clone 61 com 90,8%, em compensação o clone 66 manifestou 17,4% de divergência genética. Os dados obtidos podem ser úteis no estudo do melhoramento genético de Arracacia xanthorrhiza Bancroft. |
| Abstract: | Arracacha is a perennial vegetable crop native to the Andean region, propagated predominantly vegetatively, characterized as an orphan species. Brazil is recognized as the world’s largest producer of the species, which has only six registered and cultivated cultivars. The objective of this work was to evaluate the genetic diversity of six arracacha genotypes (ASA, BRS Acarijó 56, BRS Catarina 64, SCS380 Inca, Pavão, BRS Rubia 41) and of six cloned plants of the ASA genotype . The study was conducted at the Plant Biotechnology Laboratory of the Federal Technological University of Paraná, Pato Branco Campus. For the analysis of genetic diversity, 14 microsatellite primers were used. The plant material was collected from genotypes and clones and then the DNA extraction, quantification and qualification from the samples was carried out. The fragments were amplified by PCR and separated by electrophoresis. Each gel was analyzed and based on the bands generated, a binary matrix was constructed, from which the Dice coefficient was applied. Genetic similarity and clustering analysis was performed using the NTSYS-PC software associated with the UPGMA method. The SSR markers applied showed low polymorphism, with a PIC of 10%, considered uninformative. Among the 14 primers used, six of them (C2, C3, D1, D4, D5 and D6) were effective in amplification and exhibited a higher rate of polymorphism for the genotypes analyzed. Primers D4 and D5 highlighted greater efficiency for acclimatized clones of the ASA genotype. The results obtained emphasize the need to develop new microsatellite markers for the species. For the genotypes, the genetic similarity average was 0.945. The genotypes BRS Rúbia and ASA, BRS Acarijó and Pavão were those that presented the highest rates of genetic diversity, with 11.3% and 10.3%, respectively, although considered low. The cloned plants of the ASA genotype exhibited genetic variability possibly due to somaclonal variation, with rates higher than those found in the analysis conducted between genotypes. The average similarity was 0.908. The highest correlation identified with the mother plant was clone 61 with 90.8%, on the other hand, clone 66 showed 17.4% genetic divergence. The data obtained may be useful in studying the genetic improvement of Arracacia xanthorrhiza Bancroft. |
| URI: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/34661 |
| Aparece nas coleções: | PB - Agronomia |
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