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http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/32895| Título: | Análise de pangenoma de bactérias do gênero Bacillus spp. relacionadas com bioinsumos agrícolas brasileiros |
| Título(s) alternativo(s): | Pan-genome analysis of bacteria of genus Bacillus spp. related to brazilian agricultural bio-inputs |
| Autor(es): | Cordeiro, Caroline Campos |
| Orientador(es): | Perseguini, Juliana Morini Küpper Cardoso |
| Palavras-chave: | Genoma Bactérias Produtos biológicos Genomes Bacteria Biological products |
| Data do documento: | 16-Fev-2023 |
| Editor: | Universidade Tecnológica Federal do Paraná |
| Câmpus: | Dois Vizinhos |
| Citação: | CORDEIRO, Caroline Campos. Análise de pangenoma de bactérias do gênero Baccilus spp. relacionadas com bioinsumos agrícolas brasileiros. 2023. Monografia (Especialização em Biologia Molecular) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Dois Vizinhos, 2023. |
| Resumo: | O presente projeto dedica-se a realizar a análise de pangenoma de bactérias do gênero Bacillus em bioinsumos agrícolas brasileiros. Atualmente o Brasil conta com 104 bioinsumos registrados à base de Bacillus. Tem por objetivo analisar características semelhantes e padrões que distinguem entre si os Bacillus utilizados em bioinsumos na agricultura brasileira: B. amyloliquefaciens, B. velezensis, B. subtilis, B. thuringiensis, B. licheniformis e B. pumilus, que são espécies registradas no Brasil para a composição de produtos biológicos. Apesar da grande quantidade de sequências disponíveis desse gênero, há poucos estudos de análises de genoma central e genes específicos. Para análise e interpretação dos resultados, os genomas foram obtidos a partir de sequências depositadas na plataforma NCBI (National Center for Biotechnology Information) e, então, analisados quanto à formação de clusters e comparação de genes, além da anotação das proteínas. Essas análises foram realizadas por meio das ferramentas PROKKA, ROARY, OrthoVenn2 e PGAweb. Foi possível observar a predominância de B. thurigiensis nos resultados. B. thurigiensis destacou-se entre as demais, com a maior quantidade de genes acessórios e com a maior quantidade de clusters exclusivos de proteínas, além de ser a espécie com maior número de mudanças genéticas em termos filogenéticos. |
| Abstract: | This project is dedicated to performing a pangenome analysis of bacteria of the genus Bacillus in Brazilian agricultural bioinputs. There are 104 bioinputs registered based on Bacillus spp currently in Brazil. It aims to analyze similar characteristics and patterns that distinguish between themselves the Bacillus used in bioinputs in Brazilian agriculture: B. amyloliquefaciens, B. velezensis, B. subtilis, B. thuringiensis, B. licheniformis and B. pumilus, which are species registered in Brazil for the composition of biological products. Despite the large amount of available sequences of this genus, there are a few studies of core genome and specific genes analysis. For analysis and interpretation of results, genomes were obtained from sequences deposited on the NCBI platform (National Center for Biotechnology Information) and then analyzed for cluster formation and gene comparison, in addition to protein annotation. These analyzes were performed using the PROKKA, ROARY, OrthoVenn2 and PGAweb tools. It was possible to observe the predominance of B. thurigiensis in the results. B. thurigiensis stood out among the others, with the highest number of accessory genes and the highest number of unique protein clusters, in addition to being the species with the highest number of genetic changes in phylogenetic terms. |
| URI: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/32895 |
| Aparece nas coleções: | DV - Biologia molecular |
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