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http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/32772| Título: | Utilização de técnicas e ferramentas da bioinformática para classificação dos retrotransposons de Manihot esculenta Crantz |
| Título(s) alternativo(s): | Use of bioinformatics techniques and tools to classification the retrotransposons of Manihot esculenta Crantz |
| Autor(es): | Arjona, Bárbara Scorsim |
| Orientador(es): | Kuhn, Betty Cristiane |
| Palavras-chave: | Cromossomos vegetais Mandioca Bioinformática Plant chromosomes Cassava Bioinformatics |
| Data do documento: | 10-Jan-2023 |
| Editor: | Universidade Tecnológica Federal do Paraná |
| Câmpus: | Dois Vizinhos |
| Citação: | ARJONA, Bárbara Scorsim. Utilização de técnicas e ferramentas da bioinformática para classificação dos retrotransposons de Manihot esculenta Crantz. 2023. Monografia (Especialização em Biologia Molecular) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Dois Vizinhos, 2023. |
| Resumo: | O cultivo de Manihot esculenta Crantz no território brasileiro apresenta alta relevância nutricional e cultural, além de ser matéria prima para diversos produtos. A partir da aplicação de técnicas in vitro algumas variações podem surgir, acarretando variabilidade. Em muitos casos, os retrotransposons vêm sendo utilizados com sucesso para identificá-las; além disso, suas aplicações são as mais variadas, indo de investigação de ativação, mobilidade para estudos de biodiversidade para mapeamento de genes, bem como a análise da variabilidade genética. Dessa forma, o presente manuscrito teve como objetivo geral a prospecção dos retrotransposons de Manihot esculenta disponíveis no banco de dados primário e secundário, e como objetivos específicos o agrupamento das sequências de LT_LTR, bem como a identificação dos cromossomos nos quais esses elementos estão disponíveis. Para isso, foi realizado o levantamento de registros para a espécie utilizando banco de dados para se obter informações como o país de origem da sequência de proteínas, do código de identificação do cultivar, o tamanho da sequência e cromossomo em que se encontra. Posteriormente, foram selecionadas apenas as sequências referentes a retrotranposons de longa repetição terminal (RT_LTR), devido a sua alta taxa de presença nos genomas. Os dados obtidos, além de identificar a presença desse elemento em 17 cromossomos distintos, permitiram a identificação de uma migração não constante entre os cromossomos, mostrando que essa inserção não segue um padrão previsível para a espécie estudada. |
| Abstract: | The cultivation of Manihot esculenta Crantz in the Brazilian territory has high nutritional and cultural relevance, in addition to being raw material for several products. From the application of in vitro techniques some variations may arise, causing variability. In many cases, retrotransposons have been successfully used to identify them; moreover, its applications are the most varied, ranging from activation investigation, mobility to biodiversity studies for gene mapping, as well as the analysis of genetic variability. Thus, the present manuscript had the general objective of prospecting the Manihot esculenta retrotransposons available in the primary and secondary database, and the specific objectives of grouping the LT_LTR sequences, as well as identifying the chromosomes in which these elements are available. For this, a survey of records for the species was carried out using a database to obtain information such as the country of origin of the protein sequence, the cultivar identification code, the size of the sequence and the chromosome in which it is located. Subsequently, only sequences referring to long terminal repeat retrotranposons (RT_LTR) were selected, due to their high presence rate in genomes. The data obtained, in addition to identifying the presence of this element in 17 different chromosomes, allowed the identification of a non-constant migration between the chromosomes, showing that this insertion does not follow a predictable pattern for the studied species. |
| URI: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/32772 |
| Aparece nas coleções: | DV - Biologia molecular |
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