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Título: Prochlorococcus and Synechococcus marine cyanobacteria: a scientometrics review
Título(s) alternativo(s): Prochlorococcus e Synechococcus cianobactérias marinhas: avaliação cientométrica
Autor(es): Ribeiro, Caio Cesar
Orientador(es): Ghisi, Nédia de Castilhos
Palavras-chave: Cianobactéria
Genoma
Bibliometria
Cyanobacteria
Genomes
Bibliometrics
Data do documento: 13-Dez-2022
Editor: Universidade Tecnológica Federal do Paraná
Câmpus: Dois Vizinhos
Citação: RIBEIRO, Caio Cesar. Prochlorococcus and Synechococcus marine cyanobacteria: a scientometrics review. 2023. Monografia (Especialização em Biologia Molecular) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Dois Vizinhos, 2023.
Resumo: As cianobactérias Prochlorococcus e Synechococcus são os produtores primários dominantes no oceano e realizam uma porcentagem significativa da fixação de carbono no oceano. No passado, essas células eram identificadas por citometria de fluxo, mas atualmente as técnicas genômicas trazem diversas análises que também identificam clados e ecótipos; a genômica comparativa ajudou a responder aos padrões de evolução e diversidade entre os microorganismos. Os dados genéticos e genômicos aumentaram o número de genomas de Prochlorococcus disponíveis e facilitaram a biologia evolutiva e a ecologia microbiana. Portanto, esta revisão resume os dados disponíveis na literatura (1992-2021; n = 480) usando o software CiteSpace para fornecer informações sobre as características específicas dos genes Prochlorococcus e Synechococcus que os cientistas podem usar para estabelecer futuras direções de pesquisa. De 1992 a 2021, a palavra-chave mais frequente e com maior centralidade foi “origem evolutiva múltipla” (0,43), seguida de citometria de fluxo (0,40), pois esse período foi o principal método utilizado para identificar cianobactérias. Em 2001-2010, as palavras-chave com maior centralidade foram "sequência" e "gene", ambas com 0,13 de centralidade; isso pode ser explicado pelo período em que o sequenciamento de genes foi desenvolvido. Nos últimos 10 anos, período 2011-2021, as palavras-chave com maior centralidade foram diversidade - 0,17; Synechococcus marinho - 0,10; Ecótipo Prochlorococcus - 0,08; expressão gênica - 0,14; fitoplâncton - 0,09; e leve - 0,07. Além disso, as características de migração de citometria de fluxo, métodos de identificação de genes, genomas, ecótipos de cianobactérias e diversidade de fitoplâncton indicam como os estudos futuros devem focar.
Abstract: The cyanobacteria Prochlorococcus and Synechococcus are the dominant primary producers in the ocean and perform a significant percentage of ocean carbono fixation. In the past, these cells were identified in flow cytometry, but nowadays, the genomic techniques bring different analyses that also identify clades and ecotypes; comparative genomics has helped to answer patterns of evolution and diversity among microbes. The genetic and genomic data increased the number of available Prochlorococcus genomes and facilitated evolutionary biology, microbial ecology, and biological oceanography. Therefore, this review summarizes the available data in the literature (1992–2021; n=480) using CiteSpace software to provide insights into the specific characteristics of Prochlorococcus and Synechococcus genes that scientists can use for establishing future research directions. From 1992 to 2021, the most frequent and with higher centrality keyword was "multiple evolutionary origin" (0.43), followed by flow cytometry (0.40), because this period was the main method used to identify cyanobacteria. In 2001-2010, the keywords with higher centrality were "sequence" and "gene", both with 0.13 of centrality; this can be explained by the period when gene sequencing was developed. In the last 10 years period 2011-2021 the keywords with higher centrality were diversity - 0.17; marine Synechococcus - 0.10; Prochlorococcus ecotype - 0.08; gene expression - 0.14; phytoplankton - 0.09; and light - 0.07. Additionally, the migration characteristics of flow cytometry, genes identification methods, genomes, ecotypes of cyanobacteria, and phytoplankton diversity indicate how future studies should focus.
URI: http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/32473
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