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http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/26195| Título: | Desenvolvimento de marcadores moleculares específicos para produção de leite em búfalos (Bubalus bubalis) |
| Título(s) alternativo(s): | Development of specific molecular markers for milk production in buffalo (Bubalus bubalis) |
| Autor(es): | Weiss, Emanoele Cristina |
| Orientador(es): | Maeda, Emilyn Midori |
| Palavras-chave: | Búfalos Melhoramento genético Marcadores genéticos African buffalo Breeding Genetic markers |
| Data do documento: | 17-Ago-2021 |
| Editor: | Universidade Tecnológica Federal do Paraná |
| Câmpus: | Dois Vizinhos |
| Citação: | WEISS, Emanoele Cristina. Desenvolvimento de marcadores moleculares específicos para produção de leite em búfalos (Bubalus bubalis). 2021. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Dois Vizinhos, 2021. |
| Resumo: | O uso de marcadores moleculares é utilizado no melhoramento genético de bubalinos para verificar genes que estão ligados a características de interesse econômico, e posteriormente auxiliar na seleção de indivíduos superiores com maior produtividade. Assim, objetivou-se identificar e desenvolver marcadores moleculares específicos para genes relacionados com a produção de leite em Bubalus bubalis. Com o programa Panther 16.0 foi efetuado o enriquecimento de função e via através da sequência genômica de B. bubalis para os genes relacionados a qualidade do leite (CSN1S1, CSN1S2, CSN2, CSN3, LALBA; FABP4; LPL; PPARG; SDC; DGAT1) disponíveis no banco de dados Natinonal Center For Biotechnology Information (NCBI). Com a ferramenta String foi construído uma rede interação proteína-proteína. A identificação e o designer dos primers, foi realizada com a utilização software Primer-Blast, com base no download das sequências no formato FASTA. A validação dos primers foi realizada in silico com a utilização do programa SMS - PCR Primer Stats, para confirmar a ausência de hairpins e dímeros. O BLASTn foi utilizado para verificar o alinhamento, e o programa SMS PCR Products, que procura locais de anelamento perfeito, e em laboratório, utilizando o material genético provenientes do bulbo folicular dos pelos da vassoura da cauda de 46 búfalos, 23 da raça Murrah e 23 da raça Mediterrâneo. O resultado da análise de enriquecimento de função e via dos genes candidatos para a qualidade do leite, demonstrou que eles estão associados com atividades biológicas complexas, incluindo a atividade lipídica, sintetização de lactose, regulação hormonal e atividade lipídica. A rede de interação proteína-proteína demostra que existe uma interconexão entre os genes pesquisados, mas, a principal associação ocorre entre as proteínas do cluster das caseínas. Ao total foram desenvolvidos 100 primers, destes apenas 41 passaram em todos os testes e estão aptos para serem sintetizados. O número de marcadores específicos desenvolvidos para cada gene foi CSN1S1 (7); CSN1S2 (7); CSN2 (4); CSN3(5); LALBA (4); FABP4 (3); LPL (3); PPARG (4); SDC (2); DGAT1 (2). Os demais primers não se mostraram eficientes, sendo que não apresentaram padrões adequados para realização da genotipagem. Logo, pode-se concluir que por meio das análises de bioinformática é possível desenvolver primers eficientes, tanto para a PCR virtual quanto para a PCR em laboratório. |
| Abstract: | The use of molecular markers is used in the genetic improvement of buffaloes to verify genes that are linked to traits of economic interest, and subsequently assist in the selection of superior individuals with greater productivity. Thus, the objective was to identify and develop specific molecular markers for genes related to milk production in Bubalus bubalis. With the Panther 16.0 program, function and pathway enrichment was carried out through the genomic sequence of B. bubalis for genes related to milk quality (CSN1S1, CSN1S2, CSN2, CSN3, LALBA; FABP4; LPL; PPARG; SDC; DGAT1) available in the Natinonal Center For Biotechnology Information (NCBI) database. With the String tool, a protein-protein interaction network was built. The identification and design of the primers was performed using Primer-Blast software, based on the download of sequences in FASTA format. The validation of the primers was performed in silico using the SMS - PCR Primer Stats program, to confirm the absence of hairpins and dimers. BLASTn was used to verify alignment, and the SMS PCR Products program, which searches for perfect anneal sites, and in the laboratory, using genetic material from the follicular bulb of the tail broom hairs of 46 buffaloes, 23 Murrah and 23 of the Mediterranean race. The result of the function and pathway enrichment analysis of the candidate genes for milk quality demonstrated that they are associated with complex biological activities, including lipid activity, lactose synthesis, hormonal regulation and lipid activity. The protein-protein interaction network demonstrates that there is an interconnection between the genes studied, but the main association occurs between the proteins in the casein cluster. In total, 100 primers were developed, of which only 41 passed all tests and are ready to be synthesized. The number of specific markers developed for each gene was CSN1S1 (7); CSN1S2 (7); CSN2 (4); CSN3(5); LALBA (4); FABP4 (3); LPL (3); PPARG (4); SDC (2); DGAT1 (2). The other primers were not efficient, and they did not show adequate standards for genotyping. Therefore, it can be concluded that through bioinformatics analysis it is possible to develop efficient primers, both for virtual PCR and for PCR in the laboratory. |
| URI: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/26195 |
| Aparece nas coleções: | DV - Programa de Pós-Graduação em Zootecnia |
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