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http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/39621| Título: | Uma análise cienciométrica sobre o sequenciamento de nova geração em pesquisas envolvendo parasitos de peixes |
| Título(s) alternativo(s): | A scientiometric analysis of new generation sequencing in studies involving fish parasites |
| Autor(es): | Araújo, Bruno de Lima |
| Orientador(es): | Ghisi, Nédia de Castilhos |
| Palavras-chave: | Peixes - Parasitos Sequenciamento de nucleotídeo Bibliometria Fishes - Parasites Nucleotide sequence Bibliometrics |
| Data do documento: | 14-Abr-2025 |
| Editor: | Universidade Tecnológica Federal do Paraná |
| Câmpus: | Dois Vizinhos |
| Citação: | ARAÚJO, Bruno de Lima. Uma análise cienciométrica sobre o sequenciamento de nova geração em pesquisas envolvendo parasitos de peixes. 2025. Monografia (Especialização em Biologia Molecular) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Dois Vizinhos, 2025. |
| Resumo: | Peixes possuem grande valor econômico, social e ecológico. Apesar de sua relevante produção e consumo, muitas vezes eles podem estar infectados com diversos parasitos, afetando negativamente a saúde humana e a economia. Para o seu manejo adequado, diversas ferramentas são utilizadas, sendo que técnicas moleculares são uma das mais comuns. Ao longo dos últimos anos, estudos que utilizam o Sequenciamento de Nova Geração (NGS - Next Generation Sequencing) vêm crescendo por conta de uma maior acessibilidade e difusão no meio científico. Essa técnica permite estudar diversos aspectos da relação parasito-hospedeiro, podendo entender seu genoma, transcriptoma, metaboloma, entre outros. Para uma compreensão de como a ciência vem lidando com esse assunto, a cienciometria pode ajudar a sistematizar e visualizar esses dados, permitindo nortear futuros projetos e observar lacunas no conhecimento. Portanto, o objetivo desse trabalho foi realizar uma análise cienciométrica em trabalhos que utilizaram NGS em parasitos de peixes. Para isso, foi utilizada a base de dados científicos Web of Science com termos relevantes ao objetivo proposto. Foram analisados trabalhos que utilizaram técnicas de NGS que envolvem genômica, proteômica, metabolômica, transcriptômica, epigenômica, metagenômica ou fenômica de parasitos de peixes ao redor do mundo, considerando todos os períodos disponíveis na plataforma até o ano de 2023. Foram utilizadas as seguintes métricas para análise: periódicos; países; historicidade; ômica; utilização da análise De Novo; plataforma utilizada; peixes hospedeiros; ambiente dos hospedeiros; parasitos analisados; tropismo do parasito. Para a análise de dados, foi utilizado o software VOSViewer, buscando a criação de mapas bibliométricos para visualização dos resultados obtidos. Foram encontrados 254 artigos publicados em 86 periódicos diferentes, do ano de 2006 até 2023. A China foi o país que mais publicou nesse tema, possuindo 30% do total de artigos. A Transcriptômica foi a análise mais realizada dos artigos, estando presente em 54% dos artigos, mas não foram encontrados artigos que analisaram epigenômicas ou fenômicas. A maioria (66%) dos artigos não utilizaram a análise de novo, podendo ser um indicativo da escassez de dados publicados sobre esse tema em relação a parasitos de peixes. Mais da metade dos artigos (52%) foram realizados pela plataforma Illumina. Em relação aos hospedeiros, a maior ordem encontrada foi de Cypriniformes (24%), sendo o gênero mais reportado foi Salmo sp. A maioria do ambiente de vida dos peixes foram de água doce, salobra e marinha, indicando que peixes com maior dispersão são mais fáceis de serem estudados. Em relação aos parasitos, o filo mais reportado foram os Platyhelminthes (30%), o gênero mais reportado Cryptocaryon sp. (causador da doença ictio marinha), e a maior parte (53%) dos parasitos eram ectoparasitas. Esses dados demonstram como o sequenciamento de nova geração está colaborando para compreendermos a diversidade parasitária de peixes. |
| Abstract: | Fish have great economic, social and ecological value. Despite their considerable production and consumption, they are often infected with various parasites, negatively affecting human health and the economy. To manage them properly, several tools are used, with molecular techniques being the most common. In recent years, studies using Next Generation Sequencing (NGS) have been growing due to increased accessibility and diffusion in the scientific community. This technique allows the study of various aspects of the host-parasite relationship, including understanding its genome, transcriptome, metabolome, and more. To understand how science has been addressing this issue, scientometrics can help systematize and visualize this data, guiding future projects and identifying gaps in knowledge. Therefore, the aim of this study was to perform a scientometric analysis of works that used NGS on fish parasites. For this, the scientific database Web of Science was used with terms relevant to the proposed objective. Studies using NGS techniques related to genomics, proteomics, metabolomics, transcriptomics, epigenomics, metagenomics, or phenomics of fish parasites worldwide were analyzed, considering all available periods on the platform until 2023. The following metrics were used for analysis: journals, countries, historical data, omics, use of de novo analysis, platforms used, host fish, host environments, parasites analyzed, and parasite tropism. VOSViewer software was used for data analysis, aiming to create bibliometric maps to visualize the results. A total of 254 articles were found, published in 86 different journals, from 2006 to 2023. China had the highest number of publications on this topic, accounting for 30% of the total articles. Transcriptomics was the most performed analysis, present in 54% of the articles, but no studies were found analyzing epigenomics or phenomics. The majority (66%) of the articles did not use de novo analysis, which could indicate a lack of published data on this topic regarding fish parasites. More than half of the articles (52%) were conducted using the Illumina platform. Regarding hosts, the most common order was Cypriniformes (24%), with the most reported genus being Salmo sp. Most of the fish lived in freshwater, brackish, and marine environments, suggesting that fish with greater dispersion are easier to study. Regarding parasites, the most reported phylum was Platyhelminthes (30%), the most reported genus was Cryptocaryon sp. (causing marine ich), and most parasites (53%) were ectoparasites. These data demonstrate how next-generation sequencing contributes to our understanding of the parasitic diversity in fish. |
| URI: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/39621 |
| Aparece nas coleções: | DV - Biologia molecular |
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