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http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/30168| Título: | Identificação e caracterização de rnas não codificadores em isolados de bacillus thuringiensis (Bacillus cereus sensu lato) por sequenciamento do conjunto de pequenos RNAs |
| Autor(es): | Gobetti, Viviane Aparecida |
| Orientador(es): | Vilas-Boas, Laurival Antonio |
| Palavras-chave: | Bacillus thuringiensis Bactérias Ácido ribonucleico - Síntese Bacillus thuringiensis Bacteria RNA - Synthesis |
| Data do documento: | 14-Dez-2020 |
| Editor: | Universidade Tecnológica Federal do Paraná |
| Câmpus: | Cornelio Procopio |
| Citação: | GOBETTI, Viviane Aparecida. Identificação e caracterização de rnas não codificadores em isolados de bacillus thuringiensis (Bacillus cereus sensu lato) por sequenciamento do conjunto de pequenos RNAs. 2020. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Cornélio Procópio, 2020. |
| Resumo: | O grupo Bacillus cereus agrega oito espécies bacterianas que estão intimamente relacionadas entre si, no entanto, suas relações filogenéticas e taxonômicas ainda são debatidas. As três principais espécies do grupo são Bacillus anthracis, Bacillus cereus e Bacillus thuringiensis. Evidências indicam uma estreita semelhança nos genomas destas três bactérias, propondo que sejam consideradas como sendo da mesma espécie. A distinção entre as espécies do grupo B. cereus é atribuída essencialmente às características fenotípicas e às propriedades patogênicas, cujos genes que as codificam, possuem muito de suas especificidades atribuída aos seus plasmídeos. Apesar da semelhança, fenotipicamente são distintas e apresentam particularidades importantes. B. anthracis é um patógeno para humanos e outros animais, B. cereus é um importante contaminante de alimentos e B. thuringiensis é a bactéria mais utilizada no controle biológico de pragas e vetores de doenças. Desta forma, este trabalho visa contribuir ao esclarecimento sobre a proximidade genética entre estes três constituintes do grupo do Bacillus cereus sensu lato mediante identificação e caracterização de RNAs não codificadores na espécie de B. thuringiensis, através da identificação e caracterização de RNAs não codificadores na linhagem Bt407 de Bacillus thuringiensis, agregando a identificação e caracterização de sequências homólogas no banco de dados Rfam. A metodologia proposta neste trabalho permitiu a identificação de um total de 355 sequências candidatas a ncRNAs distribuídas em 49 famílias. Com a remoção dos RNAs comuns (tRNA, tmRNA, 58s_RNA e 5s_RNA), a metodologia identificou 223 sequências distribuídas em 45 famílias. O presente trabalho ainda apresenta uma comparação da metodologia de busca por ncRNAS proposta com outros métodos de busca realizados por outros autores para linhagem Bt407 de Bacillus thuringiensis. |
| Abstract: | The Bacillus cereus group aggregates eight bacterial species that are closely related to each other, however, their phylogenetic and taxonomic relationships are still debated. The Bacillus anthracis, Bacillus cereus and Bacillus thuringiensis are the three main species in the cereus group. There is a close genomic similarity between these three bacteria, which leads to the proposal that they can be considered as the same species. The distinction between species of the B. cereus group is essentially attributed to phenotypic characteristics and pathogenic properties, whose genes encoding them, have much of their specificities attributed to their plasmids. Despite the similarity, they are phenotypically distinct and have important particularities. B. anthracis is a pathogen for humans and other animals, B. cereus is an important food contaminant and B. thuringiensis is the most used bacterium in the biological control of pests and disease vectors. Thus, this work aims to contribute to the clarification on the genetic proximity between these three constituents of the Bacillus cereus sensu lato group through the identification and characterization of non-coding RNAs in the species of B. thuringiensis, through the identification and characterization of noncoding RNAs in the lineage Bacillus thuringiensis bt407, adding the identification and characterization of homologous sequences in the Rfam database. The methodology proposed in this work allowed the identification of a total of 355 candidate sequences for ncRNAs distributed in 49 families. With the removal of common RNAs (tRNA, tmRNA, 58s_RNA and 5s_RNA), the methodology identified 223 sequences distributed in 45 families. The present work also presents a comparison of the proposed ncRNAS search methodology with other search methods carried out by other authors for Bacillus thuringiensis strain Bt407. |
| URI: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/30168 |
| Aparece nas coleções: | CP - Programa de Pós-Graduação em Bioinformática |
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